Depois de ter acusado positivo num controlo antidoping em 2019, ao ter no seu organismo metandienona (um anabolizante proibido que aumenta a massa muscular), com a consequente suspensão por dois anos, a atleta amadora ignorou a sanção e competiu numa prova, tendo-lhe sido aplicada uma sanção adicional de mais dois anos, ou seja, entre Abril de 2022 e 21 de Maio de 2023.
No entanto, mais uma vez decidu não cumprir a sanção e inscreveu-se numa prova em Espanha, mais precisamente na Epic Race Pontevedra. A atleta portuguesa foi explusa da prova pelos organizadores e o facto foi reportado às autoridades nacionais, pelo que Filomena Paulo recebeu uma nova sanção válida até 21 de Maio de 2025, com o fundamento de dupla participação em competição desportiva durante o cumprimento de período de suspensão.